Quand Mgr Charles Lavigerie envoya les Missionnaires d’Afrique (Pères Blancs) à Jérusalem, en 1878, un de ses motifs déterminants était son amour personnel pour les communautés chrétiennes en Orient. Ainsi, il leur confia dès le début le travail pour l’union entre les Églises en Orient et les Églises en Occident, recommandant en particulier le plein respect des traditions orientales, conformément à la vision qu’il donnait à tous ses missionnaires, de se faire « tout à tous », selon les paroles de saint Paul (1 Cor 9,22).
Dans cet esprit, les Pères ont ouvert à Sainte-Anne, dès 1882, un séminaire pour la formation du clergé de l’Église grecque melkite catholique. Ce séminaire y a fonctionné pendant 85 ans, jusqu’à son transfert au Liban en 1967. Quelque 350 prêtres en sont sortis, dont une bonne trentaine d’évêques et trois patriarches de cette Église. En même temps, les professeurs se sont appliqués à des études de l’histoire des Églises au Moyen-Orient, de la liturgie orientale, des monastères du désert de Judée et autres, dans le souci d’approfondir et de mieux faire connaître les richesses de l’Orient chrétien. Ils ont, par exemple, apporté une contribution importante au Congrès eucharistique international qui s’est tenu à Jérusalem, en 1893, et qui a préparé la voie à l’encyclique Orientalium dignitas du pape Léon XIII sur les relations avec les Églises orientales (1894).
Dès les premiers débuts de l’œcuménisme dans l’Église catholique, les professeurs du séminaire de Sainte-Anne ont lancé, en 1951, la publication de la revue Proche-Orient Chrétien, dans le but de travailler pour l’unité de tous. Cette publication, internationalement reconnue, s’y est poursuivie jusqu’au transfert de la revue à Beyrouth en 2015. Autour de la revue et de la bibliothèque de Sainte-Anne, les Pères ont collaboré avec divers organismes internationaux et locaux œuvrant dans le domaine œcuménique : Conseil Pontifical pour l’Unité des Chrétiens (Rome), Conseil œcuménique des Églises (Genève), Pro Oriente (Vienne), Conseil des Églises du Moyen-Orient (Beyrouth). A Jérusalem, ils ont développé un réseau de relations œcuméniques à travers des rencontres officielles ou personnelles : Ecumenical Circle of Friends, Ecumenical Institute of Tantur, Commission œcuménique des Églises catholiques en Terre sainte, etc. Ils entendent poursuivre cette vocation œcuménique tout en s’adaptant aux changements des temps et des situations. La communauté de Sainte-Anne continue aussi le ministère de la formation des prêtres par l’enseignement à l’Institut de théologie de Ratisbonne et des conférences occasionnelles sur l’œcuménisme et le dialogue interreligieux.
En 1878, Lavigerie recommande en effet aussi aux Pères de bien s’intégrer dans leur milieu de vie à Jérusalem, s’ouvrant aussi croyants des autres religions, partant de son expérience comme archevêque d’Alger, dans un pays majoritairement musulman. Aussi, les relations interreligieuses font-elles toujours partie des orientations de la communauté de Sainte-Anne, à travers la participation à des groupes de dialogue et par des relations personnelles.
Fidèles à leur fondateur Lavigerie, qui a milité personnellement pour l’abolition du trafic des esclaves en Afrique, les membres de la communauté de Sainte-Anne portent également le souci de travailler pour un monde plus juste et fraternel, où règnent une paix durable et l’égalité des droits pour tous. Le respect et la préservation de la création, notre « maison commune » font partie intégrante de cette orientation, qui ne peut devenir réalité que grâce aux relations et à la collaboration entre les Églises chrétiennes et avec les croyants du judaïsme et de l’islam.